Євгеній Капінус отримав вищу освіту у Черкаському інституті управління за спеціальністю «менеджер-економіст» (2000 р.). Пізніше продовжив свою науково-дослідницьку діяльність та у 2005 році здобув ступінь кандидата наук з державного управління в Українській Академії державного управління при Президентові України. Нагороджений почесним званням «Заслужений економіст України». З 2003 року працював головним консультантом відділу з питань структурних змін та інфраструктури ринку в Адміністрації Президента України. А у 2005 році почав працювати в Головній службі соціально-економічного розвитку Секретаріату Президента України, де обіймав керівні посади. Євгеній Капінус був радником Віце-прем’єр-міністра України Секретаріату Кабінету Міністрів України впродовж 2010-2011 років, а потім працював координатором та заступником у Координаційному центрі економічних реформ при Президентові України. У 2015 році очолив Координаційний центр забезпечення взаємодії з Кабінетом Міністрів України. 29 квітня 2016 року Євгеній Капінус призначений на посаду заступника Міністра фінансів – керівника апарату. 14 лютого 2017 року призначений на посаду Державного секретаря Міністерства фінансів.